Skonto zieht man für gewöhnlich immer erst von der Schlussrechnung ab.
Und auf Rechnungen steht häufig nichts vom Skonto. Solange das aber beim Angebot geklärt wurde, einfach abziehen.
Ich habe auch bei Anzahlungen schon immer Skonto gezogen und kenne das auch aus betriebswirtschaftlicher Sicht so. Wieso sollte man es dort denn nicht ziehen? Es ist Held was man sofort zahlt. Und wenn man es dort nicht ziehen dürfte, dann würde man nicht für den kompletten Betrag Skonto bekommen