Über euren Rat wäre ich dankbar.
Die Klausel, dass Mehraufwand zu vergüten ist, aber Minderaufwand nicht rückvergütet wird (soweit Du es zitiert hast, den gesamten Vertrag kennen wir ja nicht), finde ich unfair. Möglicherweise wirst Du (mit viel Geduld) ein Gericht finden, dass dieser Logik folgt und den ganzen Passus kippt. Ich würde dieses Wagnis allerdings nicht eingehen ;-).
Dass Du eine Zusatzvereinbarung unterschreiben sollst, halte ich für unnötig. Es ist doch alles gesagt. Dein Bauunternehmer soll Dir einfach die Rechnung schicken.
Wenn die Statik neu berechnet werden soll, dann impliziert das für mich, dass es bereits eine erste Berechnung gibt. Warum soll neu berechnet werden?
Fazit:
Aller Wahrscheinlichkeit nach wirst Du für den zusätzlichen Schotter bezahlen müssen. Das ist soweit völlig normal. Ob der Mehraufwand soweit korrekt ist, können wir nicht beurteilen. Besorge Dir eine unabhängige Bauüberwachung, die diese Dinge prüft und Dich berät (von Dir beauftragt, von Dir bezahlt).
Hinsichtlich der Statik kommt es darauf an ... Warum, wieso, weshalb?
Für zukünftige Bauherren:
Das dem Werkvertrag zugrunde liegende Leistungsverzeichnis (Bau- und Leistungsbeschreibung) sollte stets sehr aufmerksam gelesen und verstanden sein. Vor der Unterschrift. In der Regel ist dafür externer Sachverstand nötig, den der Bauherr zusätzlich und unabhängig von seinem Bauvertragspartner einkaufen sollte.
Neben der "baufachlichen" Prüfung des Leistungsverzeichnisses empfiehlt sich auch eine (separate) juristische Prüfung des Werkvertrages.