rechtlich ist das immer ganz schön verworren. muss wohl Absicht sein vom Staat...
auf jeden fall gilt in deinen fall: wenn du jetzt zahlst, wirst du die genannten Mängel niemals repariert bekommen. rechtlicher beistand kostet auch wieder Geld, wobei du selber eigentlich nichts falsch gemacht hast.
die Baufirma weiß spätestens seit der Abnahme von den Mängeln und ist wohl nicht gewillt zu reagieren. wie dir nun schon genannt wurde musst du diese nun wohl mal Abmahnen und gleichzeitig darauf hinweisen, das du die Rechnung nicht begleichen wirst, bis alle Mängel erledigt worden sind. gleichzeitig Frist setzen(14tage oder mehr) und drohen, anschließend die Mängel selber auf deren kosten (abschlussrechnung...) zu begleichen. allerdings kannst du nach der Frist nicht einfach machen was du willst.
das beste wird sein, wenn du jetzt erst mal den besichtigungstermin mit den Chef abwartest. die werden dir natürlich erzählen, das alles halb so wild ist usw... allerdings wurde das damals aufgenommen und sollten die zickig werden, werfe sie raus. wenn sie dann ihr Geld wollen müßten sie klagen und die müssen dann beweisen, das ihre zahlungsforderungen rechtens sind. du müßtest dann wohl beweisen, das die einbehaltung der letzten Rechnung in etwa die kosten zur Beseitigung der Rechnung entspricht. die Firma wiederum müßte dann beweisen, das die Fenster fachgerecht eingebaut sind (die wollen ja dein Geld). ganz viele wenn und aber, aber auch die Firma hat kein Bock zu klagen.
sinniger ist es, wenn man sich so einigt.