Naja du wirst schon mehr bezahlen müssen als mit vorhandenen Decken, denn das Luftvolumen wird ja größer, welches erwärmt werden muss und die Fläche der Außenwände im Verhältnis zur Wärmeabgebenden Fläche vergrößert sich.
Aber da die Dämmung etc. die Wärme drin behalten wird und wie schon gesagt die wärmeabgebendefläche der Fußboden ist, wird sich das Ganze schon nicht übermässig unwirtschaftlich werden.
Zusätzlich hast du ja eine Kontrollierte-Wohnraumlüftung geplant und diese wird die Wärme ja auch auf das ganze Haus verteilen(wenn auch nur gering) Mit oder ohne Zwischendecke hast du dann u.A. durch die Kontrollierte-Wohnraumlüftung relativ homogene Temperaturen im EG und OG.
Egal wie du es jetzt drehst und wendest die Heizkosten werden sich nur marginal unterscheiden. Vorausgesetzt die Dachfläche wird ausreichend gedämmt.