Die geringer als erwartete Deckenhöhe würde mich sehr ärgern. Entscheidend ist was in der Bauleistungsbeschreibung steht. Wenn diese vom Architektenplan abweicht und dennoch so durchgewinkt wurde ist der Fehler nicht beim Bau passiert. Sollte tatsächlich in der Raumhöhe 2+x% abweichend der Bauleistungsbeschreibung gebaut worden sein, würde ich eine Kompensation in Form einer Leistung oder finanziellen Kürzung anstreben - allein schon um nicht allein mit dem Ärger herumzusitzen.
Ist ein Fenster schief verbaut, muss es eben gerade gerichtet werden. Das ist ja machbar.