Wenn ich es richtig verstanden habe, habt ihr ein Zwischending zwischen reinem GU und Einzelvergabe. Man macht einen Grundvertrag mit einer Hausbaufirma, die Einzelabrechnung erfolgt aber direkt zwischen Sub und Bauherrn. Sowas ähnliches wurde mir damals auch von einer Hausbaufirma angeboten.
Wenn das so ist, ist die Frage, war das jetzt die Abnahme zwischen euch und dem Bauleiter oder auch zwischen euch und den "Subs" gewesen? Ersteres sprich dafür, dass die Rechnungen richtig sind, zweiteres spricht dafür, dass die Rechnungen geändert werden müssten. Dazu kennen wir aber alle die Vertragsgestaltung nicht.
Das ist auch definitiv keine Laienfrage mehr fürs Forum. Rechtsberatung in Steuerthemen ist nur den steuerberatenden Berufen vorbehalten.
Wenn du die Rechnungen nicht geändert bekommst, solltest du dich aus meiner Sicht an einen Steuerberater oder an einen Fachanwalt für Steuerrecht wenden. Da es hier für dich wahrscheinlich auch nicht um niedrige Summen handeln wird, könnte ich mir vorstellen, dass sich der zusätzliche Aufwand lohnen könnte.