Ich denke, das werden strittige Punkte bleiben, die wenn der Unternehmer nicht kulant ist ggf. vereinzelt auch bis vor Gericht gehen.
Im §29 USTG steht dazu, wer von beiden Anspruch auf die UST hat, wenn nichts dazu im Vertrag geregelt ist.
Da kommt es darauf an, wann der Vertrag geschlossen wurde. Sichtag für den Vertragsabschluss ist da 4 Monate vor Umstellung der UST.
Das gilt aber nur für langfristige Verträge und da bin ich mir nicht sicher, ob die (Bau)Werkverträge mit reinfallen.